Das protestantische Prinzip der allgemeinen Denk-, Glaubens- und Gewissensfreiheit war und ist Ursache für eine Vielzahl von Kirchen, Konfessionen und Richtungen.

Die Globalisierung der europäischen Protestantismusbewegung begann mit der Kolonialisierung Nordamerikas. Dort wurde der Grundsatz religiöser Toleranz noch entschiedener vertreten, weshalb, um die Freiheit der vielen verschiedenen Konfessionen zu schützen, in der Verfassung der USA eine strikte Trennung von Staat und Kirche festgeschrieben wurde. Die Tatsache der vielen teils unterschiedlichen evangelischen Kirchen und Konfessionen gehört zu den Erkennungszeichen des Protestantismus generell.

Die Konfessionskirchen sind in den meisten Ländern als „Nationalkirchen“ organisiert. Das bedeutet, dass sämtliche Angehörige einer Konfession einer gemeinsamen Kirche mit einer zentralen Kirchenleitung angehören. Diese „Nationalkirchen“ sind wiederum weltweit in konfessionellen Weltbünden organisiert. Dazu gehören der Lutherische Weltbund, der Reformierte Weltbund, der Methodistische Weltbund oder der Baptistische Weltbund.

Die „Nationalkirchen“ sind andererseits europa- und weltweit auch in Ökumenische Organisationen integriert. Auf europäischer Ebene dient als Beispiel einer gelungenen Ökumene innerhalb eines protestantischen Pluralismus die 1973 verabschiedete Leuenberger Konkordie. Sie ist ein gelungener Versuch, die Lehrunterschiede der zwei großen Konfessionen aus dem 16. Jahrhundert – das Augsburger Bekenntnis und das Helvetische Bekenntnis – zu überwinden. Durch diese Konkordie wurden eine Kanzel- und Abendmahlsgemeinschaft sowie die gegenseitige Ordination festgelegt. Sie wurde 30 Jahre später (2003) in die Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa (GEKE) weiterentwickelt.

Umfassender ökumenisch ist jedoch der schon 1948 in Amsterdam gegründete ökumenische Rat der Kirchen (ÖRK) mit Sitz in Genf ausgerichtet. Ihm gehören mittlerweile über 340 evangelische, orthodoxe und anglikanische Kirchen an.

Derzeit dürfte es weltweit neben etwa 260 Millionen orthodoxen Christen und 1,1 Milliarden der römisch-katholischen Weltkirche, gut 400 Millionen Protestanten geben, die Anhänger von Pfingstkirchen nicht eingerechnet. Nach den Angaben des Lutherischen Weltbundes gab es 2005 weltweit knapp 70 Millionen Lutheraner. 75 Millionen Christen in etwa sind den Reformierten Kirchen zuzuzählen und über 70 Millionen den Methodistischen Kirchen. Die Baptisten haben weltweit etwa 85 Millionen Mitglieder. Die Anglikanischen Kirchen haben derzeit etwa eine Stärke von 75 Millionen Christen. Der Rest entfällt auf evangelische Freikirchen, deren Mitgliederzahlen sehr schwer zu schätzen sind.